宋宣和二年十二月末，卢俊义班师回山东。在离开倭地之前，卢俊义将倭地的诸多事宜都安排下去，使得倭地务必在一年内就进入良性发展的轨道。
倭国群岛自此改名为灭倭群岛，它下面各个大型岛屿被卢俊义一一编制起来。
北海道岛改称北海岛，它跟库页岛、千岛群岛一起合成一个行政单位，称为北海道，治所为新筑造的镇北城，位置在后世的稚内城，总遏库页岛、北海岛和千岛的海路航运。
本州岛更名为中海岛，从京都附近的琵琶湖分成两部分，中海岛北部和中海岛附近的各个小岛合在一起，编制成中海道，治所江户城，也是八百年后的倭国东京。这时的江户还是一个人口稀少的小渔镇，卢俊义看重它的位置，便在这里构筑了江户城，后来改名为镇倭城。
而四国岛、九州岛的名称都改成四县岛、九县岛，这两个岛加上中海岛琵琶湖南部，跟对马岛、琉球群岛等大小岛屿合在一起，编成东海道。东海道治所是广岛城，这里依然需要筑城，当然也不会用广岛城这个名字，而名曰镇东城。
卢俊义对包括京都在内的所有倭国旧城都很不满意，决定在所有要地重新筑城。
每个道下面各设了五六个州和二十多个县，道、州、县、镇、社、保、里的行政编制等同于山东等地。
灭倭群岛乃新占之地，除了急需要屯田的汉民、警卫军之外，还需要许多地方官吏，卢俊义便将宗泽、张叔夜、侯蒙三人的副手提拔过来做了北海、中海和东海三道的巡抚，当然前提是要这些人同意前来，来了就升官而且还能将家里的田地一下子扩大四倍，何乐而不为，于是许多州、县、镇基层官员的副手携带家眷越海而来，做了这三道的基层主官，他们的副手则会从陆续前来移民的一百多万名屯民里经考试甄选。
北海道新任巡抚薛嵩乃宗泽的助手，此人乃辽国东京道人氏，他八岁时跟随父亲在山中采摘药材时遭遇女真人袭击，其父惨遭杀害，凄凉无助落荒而逃的薛嵩被前去女真部落买马路过的卢俊义的父亲卢有福拯救，卢有福便将薛嵩养在府中，跟燕青一般身份。但燕青从小机智灵动表现欲极强，而薛嵩沉默寡言、规规矩矩的，让卢俊义经常忽略了薛嵩的存在。薛嵩属于笨鸟先飞以勤补拙的典型，他习武天赋甚是一般，跟随卢俊义学了十年武，却一直是三流水平，他二十岁参加了卢俊义开办的俊义武馆，依然是平平淡淡，二十二岁时跟随卢俊义前去梁山参加了梁山军校，他才开始崭露头角，乃是因为梁山军校内有政治系，他可以通过学习施政之道找回自信。二年后，他请求从一个中级军官调为一名谁都不知道他跟卢俊义有兄弟关系的小吏，卢俊义照顾到他的志向兴趣就同意了他的调职。短短三四年间，薛嵩的行政才能频频获得张叔夜等北宋能臣的肯定，不断地以优异的政绩获得擢升，最后他成了苏北道（亦称为淮东道）巡抚宗泽的第一助手。卢俊义翻阅各道州官吏资料计划要调什么人前来倭地三道时，才看到自己这个许久未见的义弟的现况。卢俊义不由得有些汗颜，自己被历史和演义影响，刚一开始就将燕青置于高位，而将薛嵩完全忽略。薛嵩还真替他哥哥争气，几乎从来没有收到卢俊义的刻意提拔，却能在二十七八岁时便成了一道巡抚的第一助手，实在是有本事。卢俊义又仔细看了薛嵩的资料，薛嵩曾很怀念当年在东京道时的时光，喜欢雪原，也懂得寒地农业，卢俊义正缺一个能够执掌寒地北海道的主要官员，便提拔薛嵩前往。
北海道的势力范围到了库页岛后，便不再向北延伸，盖因那时的西伯利亚大森林是一片冰原，人迹罕至，过厚的冰层一时之间还没有很好的方法断开，西伯利亚下面丰富的矿产资源暂时只能留存那里，待以后开采。总而言之，西伯利亚暂时没有占领的价值，等将所有有人烟的地方占领后再去料理那里。
库页岛，现在被卢俊义按照中国传统习惯改为苦叶岛，这苦叶岛大概有七万多平方公里，岛上富有森林、石油、煤等资源等，渔业资源发达。渔业将是苦叶岛沿岸的未来的主要经济活动，水产大部分为蟹、鲱鱼、鱈鱼和鲑鱼，北部的石油、南部的煤炭以及伐木业，也将是苦叶岛重点开发的地方。苦叶岛因地形多山、气候严寒，农业不发达。所以一开始卢俊义只是派了军队将苦叶岛原来的土著阿伊努人抓住当做奴隶砍伐苦叶岛的树木，以支援倭地其他城市的建设。煤炭和石油要等日后开矿技术成熟后方能开始。
千岛群岛资源丰富，地理位置优越。四岛位于冷、暖流交汇处，水产丰富，渔业发达，是后世世界三大著名渔场之一。国后岛产大蟹、海参，择捉岛是捕鲸基地，地下矿产也非常丰富。更引人注目的是该四岛扼守“黄金水道”，附近水域是出入北太平洋的捷径之一，也是往返欧亚大陆以及北美各口岸的必经之路。四岛拥有许多天然良港，这些港口港阔水深，如若建造成港口，可长年停泊大型船舶。
北海岛可供开垦的良田颇多，再加上有一些耐寒作物的普及，北海岛有望成为倭地三道的一个大粮仓。北海岛的雪景堪称一绝，可在北宋末年发展旅游项目，提倡滑雪。另外北海岛的渔业也很发达，这都是日后的经济支撑点。
中海道掌握了大部分中海岛，乃倭地腹心，而且还掌控了倭地的银矿，卢俊义便任命张叔夜的助手，卢俊义的亲信傅奇担任中海道的巡抚。
中海岛上矿产资源仅有少量的铜、铅、锌、煤炭和石油，稍作开采，便告枯竭。既然这等矿产资源不足信赖，那就大力发展农业等其他行业。以关东平原为主的许多冲积平原上可以种植稻谷，然后发展农业的同时，继开始发展花卉、蔬菜等园艺业，开始种植茶、桑蚕与果树。另外还发展合力的近海水产养殖业与远洋渔业。
不过在缺乏其他矿产资源的同时，倭地获得了天意，竟拥有一个庞大的银矿。中海岛上最大的银矿，石见银山，位于面临日本海的岛根县中部地区。从后世十六世纪上半叶到十七世纪后半叶，石见银山在世界经济尤其是亚洲的贸易往来中发挥着重大的作用。据说在其最鼎盛时期，占世界流通量三分之一的日本银产量中，大半部分出自石见。后世，石见银山最早是在公元1527年由九州博多的富商神屋寿祯所开发，并在约400年间持续不断地进行着开采，直到1923年矿山关闭。这里出产的银，经由附近的鞆浦港和冲泊港主要出口到中国，也远销欧洲，当时处于大航海时代的葡萄牙，就是通过以日本银为主的中转贸易而得以成为欧洲强国。面对如此银山，怎能空手而归，将这些银子留给后世挥霍，不如放在自己手里发挥更大的作用，于是卢俊义便征调高丽奴隶前来石见银山前来开采。
东海道掌控了四县岛、九县岛、对马岛和琉球群岛等岛屿，是齐国大陆距离倭国最近的西边门户。卢俊义便命令侯蒙的副手，自己的另一名亲信吴正科前去东海道做了巡抚。
九县岛海岸线曲折，多海湾、岛屿、半岛，南部以农业为主，畜牧业、蔬菜、水果和渔业发达。四县岛主要是农业，种植水稻、果树和蔬菜，蔬菜园艺业、渔业和水产养殖业发达。这些都可以发扬起来。吴正科因地制宜地发展起水稻、果树和蔬菜和水产养殖业。晋朝三国志魏书记载了对马岛早期的历史纪录，魏书卷三十说：“倭人在带方东南大海之中，依山岛为国邑。旧百馀国，汉时有朝见者，今使译所通三十国。从郡至倭，循海岸水行，历韩国，乍南乍东，到其北岸狗邪韩国，七千馀里，始度一海，千馀里至对马国。其大官曰卑狗，副曰卑奴母离。所居绝岛，方可四百馀里，土地山险，多深林，道路如禽鹿径。有千馀户，无良田，食海物自活，乖船南北巿籴。”对马岛的战略位置甚为重要，派出一定兵力防守之。
跟禁卫军移防的警卫军有八万人，分布在三个道上，北海道二万，中海道和东海道各有三万人马，等以后汉人移民多了再进行征召。三个道的警卫军都统制的人选全部由在对倭战斗中崭露头角的军官中甄选。最后有三名文韬武略样样精通却名不见经传的人物入选，北海道有邢钢担任，中海道由黄光明执掌，东海道有任潮担任都统制。
卢俊义着令上述三位都统制要将倭地三个道的警卫军发展到五万人，另外从警卫军中锻炼出一万禁卫军，除了清剿境内残余倭国皇室势力外，主要是防止各地蛮夷海上的袭击。
在此次战争中立下莫大功勋的卧底特工藤原复、源峰、平安盛三人分别被任命为情报总署驻三个道的情报统制，负责境内所有情报的搜集，直接听命于石秀，石秀再向卢俊义汇报，这些人亦可直接向卢俊义汇报。